Crash, Aku Aku e Coco si godono un po' di riposo sulla spiaggia di N. Sanity Island, quando improvvisamente un terremoto, l'eruzione di un vulcano ed enormi tsunami sconvolgono l'isola. Preoccupato, Aku Aku indaga sull'accaduto, e scopre che il suo fratello malvagio Uka Uka, esasperato dai continui fallimenti dei suoi scagnozzi, ha liberato gli Elementali, maschere crudeli e potentissime, liberate dallo stato di ibernazione che li teneva prigionieri. Intanto il Dr. Neo Cortex presenta il suo nuovo progetto: Crunch Bandicoot, una creatura mutante e dotata di forza spaventosa.
L'unico modo per Crash e Coco di fermare gli Elementali e Crunch è raccogliere Cristalli, che riporterebbero le quattro maschere al loro stato precedente. Per potersi muovere velocemente nel mondo e cercare i Cristalli, i due fratelli utilizzano una nuova complessa stanza del teletrasporto progettata e costruita da Coco.